Tumornekrosefaktor-alpha (TNF-alpha) und Lymphotoxin sind zwei pro-inflammatorische Zytokine, die an zwei unterschiedliche Zelloberflächen-Rezeptoren binden: den 55-Kilodalton (p55) und den 75-Kilodalton (p75) TNF-Rezeptor (TNFR).
Beide TNF-Rezeptoren kommen physiologisch in (zell)membrangebundener und in löslicher Form vor. Es wird angenommen, dass die löslichen TNFRs die biologische Aktivität von TNF regulieren.
Etanercept ist ein löslicher TNF-alpha-Rezeptor und bindet gezielt frei zirkulierendes TNF-alpha. Durch die Bildung des Komplexes aus TNF-alpha und löslichem TNF-alpha-Rezeptor (sTNFR) wird TNF-alpha in seiner Aktivität blockiert. TNF-alpha ist in dieser Form nicht mehr in der Lage, an die membrangebundenen TNF-Rezeptoren auf der Zelle anzudocken und die für TNF spezifische Zellreaktion (Zytokinkaskade) in der Zelle auszulösen.
Etanercept hat eine sehr hohe Bindungsfähigkeit für TNF-alpha. Da diese Affinität höher ist als die Bindung des TNF-alpha an die ortsständigen Rezeptoren auf der Zelle, bleibt TNF-alpha an den löslichen Rezeptor gebunden und wechselt nicht auf den Zellrezeptor. Damit wird sichergestellt, dass TNF-alpha dort die Zytokinkaskade nicht auslösen kann. Über die Blockade von TNF-alpha kann Etanercept daher auch biologische Reaktionen verändern, die durch zusätzliche Moleküle des TNF-Netzwerkes (z. B. weitere Zytokine wie IL-1 oder IL-6, Adhäsionsmoleküle oder Proteinasen) ausgelöst oder kontrolliert werden.